親族が部屋の中で孤独死されたと警察から連絡があり、不動産会社からは退去をしてくれと言われどうしていいかわからず、とりあえず部屋に入ったのですが臭いが酷く換気の為、窓を全開にしていたのですが、翌日、不動産会社から連絡があり臭いが近隣に漏れているのでどうにかしてほしいと言われました。

汚染物などを取らずに窓を全開に開けても臭いが取れることもないので意味はあまりありません。近隣に臭いが漏れてクレームになる事が多いですね！
初めに汚染物の除去、消臭・消毒などの作業が終えて窓を開けるようにすることをお勧めします。